1995年（平成7年）には阪神・淡路大震災によって甚大な被害を受けるが、約2ヶ月後の3月20日には摩耶埠頭でコンテナの積み下ろしが再開される。2年後の1997年（平成9年）3月31日には全面復旧し、5月19日に神戸港復興宣言が出される。
しかし、神戸港の隆盛を支えて来た瀬戸内海、および、韓国・中国から小型コンテナ船（フィーダー船）などを介して集められ、北米・欧州方面の大型コンテナ船（母船）に積み替えられるトランシップ貨物は港湾施設が復旧しても再び神戸港に戻ることはなかった。
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近隣アジア諸港から集荷していたトランシップ貨物は、アジア諸港のコンテナターミナルが急速に拡充され始めたことで、すでに1990年代初めから減少傾向に転じていたが震災によってトランシップ機能が韓国・釜山港などにシフト。加えて、震災を契機に瀬戸内の中小港湾の国際コンテナ貨物もその多くがコスト面で有利な釜山港でのトランシップに切り替えられた。神戸港の全コンテナ取扱個数に占めるトランシップ貨物の比率は震災直前の1994年（平成6年）で31.6%あったが、2006年（平成18年）にはわずか1.6%まで激減。今日、国内外のコンテナハブ港湾としての機能はほぼ失われてしまっている。
現在、国際海運の主流である長距離国際コンテナ航路（基幹航路）は、投入コンテナ船の大型化で年々世界的に寄港地が絞り込まれる傾向にある。